不久之后，一封神秘信件被送到火影手中，信中只有一行血字：“想要拯救世界，三天后日落时分，孤影峰见。”火影看完信后眉头紧锁，他深知这背后隐藏着巨大的危机。经过商议，鸣人、佐助和小樱主动承担起这次危险的任务。
三天后，三人准时来到孤影峰。峰顶上，一个全身笼罩在黑袍中的神秘人早已等候多时。神秘人看到他们，发出一阵阴森的笑声：“你们终于来了，鸣人、佐助，还有小樱。我等这一刻已经很久了。”鸣人警惕地问道：“你到底是谁？为什么把我们引到这里？”神秘人缓缓摘下兜帽，露出一张布满狰狞伤疤的脸：“我是影涯，曾经被你们村子背叛的忍者，今天就是来复仇的！”
影涯话音刚落，周围突然涌出一群身形诡异的傀儡。这些傀儡行动敏捷，且周身散发着黑色的查克拉，一看就不是普通之物。鸣人立刻进入九尾模式，佐助也开启万花筒写轮眼，小樱则在后方准备支援。战斗瞬间爆发，鸣人率先冲上前去，用螺旋丸攻击傀儡，但傀儡似乎对攻击有着极强的抗性，只是稍微退后几步便又继续扑来。
佐助见状，施展出炎遁·加具土命，火焰瞬间将几个傀儡吞噬。然而，这些傀儡竟在火焰中重组，变得更加强大。小樱利用怪力拳打碎了几个靠近的傀儡，可傀儡的数量实在太多，三人逐渐陷入包围。影涯站在一旁，看着陷入苦战的三人，得意地大笑：“这是我用黑暗忍术制造的傀儡，你们是不可能战胜它们的！”
鸣人没有放弃，他在战斗中仔细观察傀儡的行动规律，终于发现这些傀儡之间似乎通过一种无形的丝线相互连接。他意识到只要切断这些丝线，就能破解傀儡的攻击。鸣人将这个发现告诉佐助和小樱，三人立刻改变战术。小樱用巨大的石块吸引傀儡的注意力，鸣人则趁机施展多重影分身，从不同方向冲向傀儡。佐助则开启须佐能乎，用其手中的长剑斩断傀儡之间的丝线。
在三人的紧密配合下，傀儡们渐渐失去控制，行动变得迟缓。影涯见势不妙，亲自加入战斗。他施展出一种从未见过的忍术，将周围的空气扭曲，形成一道道利刃向鸣人等人袭来。佐助用须佐能乎的护盾抵挡攻击，鸣人则找准时机，凝聚出超大玉螺旋丸，向影涯全力攻去。影涯躲避不及，被螺旋丸击中，身受重伤。
就在影涯倒地的瞬间，他突然引爆了身上的起爆符，巨大的爆炸将孤影峰笼罩。鸣人等人在爆炸中奋力抵抗，终于在爆炸平息后，确认影涯已被消灭。他们带着疲惫但胜利的笑容，返回木叶村。这次战斗让他们明白，忍者的道路上永远充满挑战，但只要他们团结一心，就没有克服不了的困难。而在木叶村的暗处，一双眼睛正冷冷地注视着他们的归来，新的危机或许正在悄然酝酿。回到木叶村，鸣人等人还没来得及好好休息，就被卷入了一场新的风波。村子里开始流传一种诡异的病症，患病的忍者会陷入深度昏迷，查克拉紊乱，生命体征微弱。更可怕的是，这种病症传播迅速，短短几天就有不少忍者倒下。
火影紧急召集医疗忍者研究对策，鸣人、佐助和小樱也参与其中。鸣人四处走访患者家属，希望找到病症的源头；佐助则利用写轮眼的洞察力，仔细观察患者体内查克拉的变化；小樱凭借精湛的医疗忍术，试图稳定患者的病情。
经过一番艰难的调查，他们发现所有患者都曾接触过一种从村外流入的神秘药剂。据说这种药剂能在短时间内提升忍者的查克拉量，不少忍者为了增强实力而偷偷使用。鸣人顺着这条线索追踪，发现药剂的源头竟是一个隐藏在深山之中的秘密实验室。
鸣人、佐助和小樱带领一支小队迅速前往实验室。一路上，他们遭遇了重重陷阱和敌人的阻击。这些敌人似乎对他们的战斗方式了如指掌，每一次攻击都恰到好处地避开了他们的优势。鸣人意识到，这背后一定有熟悉他们的人在操控。
终于抵达实验室，里面弥漫着一股刺鼻的气味。在实验室的核心区域，他们发现了一个巨大的培养皿，里面浸泡着一个面容扭曲的人。此人正是这场危机的始作俑者——曾经的木叶叛忍龙崎。龙崎看到他们，疯狂地大笑起来：“鸣人，你们终于来了。这一切都是我对木叶的复仇计划，这种病症就是我送给你们的礼物！”
龙崎操控着实验室里的机械傀儡向他们发起攻击。这些傀儡不仅拥有强大的攻击力，还能释放出干扰查克拉的电波，让鸣人的九尾模式和佐助的写轮眼都受到了影响。小樱在战斗中发现，傀儡的能源核心是一种特殊的晶体，只要破坏晶体就能让傀儡失去动力。
鸣人、佐助和小樱相互配合，突破傀儡的重重阻拦，终于接近了龙崎。龙崎见势不妙，启动了实验室的自毁装置，企图与他们同归于尽。鸣人不顾危险，冲向龙崎，用螺旋丸将他制服；佐助则迅速找到自毁装置的核心，用千鸟将其破坏；小樱则在后方为大家提供医疗支援。
最终，他们成功化解了这场危机，摧毁了实验室，龙崎也被带回木叶村接受审判。然而，这场风波给木叶村带来的伤痛却难以在短时间内愈合。鸣人深知，守护木叶村的道路还很漫长，未来还会有更多未知的挑战等待着他和伙伴们。